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Serviços

Serviço para a análise da expressão genética

A gama de produtos GeneChip® da Affymetrix utilizados para a análise da expressão genética, permite aos investigadores estudar, de uma forma qualitativa e quantitativa, a análise da expressão genética em vários organismos modelo (ver Tabela 1 e Affymetrix para uma listagem completa do catálogo de arrays disponíveis). Alternativamente, o Custom Express ™ Array Program e NimbleExpress™ Array Program podem ser usados para elaborar arrays GeneChip® compreendendo entre 520 e 61 000 sequências/array e que permitem estudar qualquer genoma completamente sequenciado ou conjuntos específicos de genes que o cliente determine.

O pré-requisito absoluto para a obtenção de dados reproductíveis e de confiança é a elevada qualidade da amostra de RNA a utilizar. Com base na nossa experiência, adequirida com uma variedade de organismos que vão desde a levedura, tecidos de mamíferos, Drosophila e Arabidopsis, aconselhamos os nossos clientes sobre o melhor processo de isolar RNA apartir das suas amostras. Para estudos de expressão genética pelo procedimento standard são necessárias 1 µg de RNA total, mas se houver limitações na obtenção de material biológico, pode-se usar o procedimento para pequenas amostras uma vez que este reduz essa quantidade para valores tão baixos quanto 50 ng de RNA total. Para RNA de elevado grau de pureza a razão A260/A280 deve ser entre 1,8 e 2,1. Após recepção das amostras, estimamos a sua concentração e grau de pureza utilizando o espectrofotómetro NanoDrop® ND-1000. A qualidade do RNA nessas amostras é analizada usando o RNA 6000 Nano Assay do Agilent 2100 Bioanalyzer. Se o electroforetograma (exemplo) preencher os parâmetros de qualidade requeridos, procedemos ao processamento da sua amostra.


O serviço de análise da expressão genética pelo procedimento standard é constituido pelas seguintes etapas (tecnologia e ilustração gráfica):

  • Aconselhamento sobre a estratégia experimental a seguir, extracção de RNA, etc.
  • Determinação da qualidade das amostras de RNA no Agilent 2100 Bioanalyzer (exemplo)
  • Síntese da primeira e segunda cadeias de cDNA
  • Transcrição in vitro da qual resulta cRNA marcado com biotina
  • Fragmentação do cRNA marcado com biotina
  • Determinação da qualidade do cRNA não fragmentado e fragmentado no Agilent 2100 Bioanalyzer (exemplos de cRNA não-fragmentado e fragmentado)
  • Hibridação com o array Test3 em caso de necessidade, e.g. depois do controlo de qualidade ao cRNA
  • Hibridação ao GeneChip® array
  • Coloração e lavagem do array
  • Leitura com o GeneChip® scanner 3000
  • Controlo de qualidade aos dados em bruto usando para tal o software GCOS 1.1 da Affymetrix
  • Comparação dos resultados de expressão genética obtidos
  • Análises de dados mais elaboradas (opcional)





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