O GeneChip® Human Mapping 10K Array da
Affymetrix é uma ferramenta baseada na hibridação entre
alelos específicos que têm por finalidade a genotipagem de polimorfismos
num único nucleótido (SNP). Este array contém sondas
correspondentes aos dois possíveis alelos para cada SNP. Após
hibridação do DNA alvo ao array, determina-se se um SNP é
AA, AB ou BB analisando o sinal resultante da hibridação entre
o alelo e a sonda específica.
Cada SNP é representado por quarenta oligonucleótidos
(25-mer) diferentes, tendo cada oligonucleótido uma ligeira variação
nas sequências perfect matches e mismatches e nas regiões que
flanqueiam o SNP. (Ilustração
do princípio)
Este ensaio requer 250 ng de DNA que é digerido
com a enzima de restrição XbaI e da qual resultam fragmentos
de vários tamanhos. (Ilustração
do princípio). Moléculas adaptadoras ligam-se a todos os
fragmentos, mas através de amplificação por PCR (usando
iniciadores que reconhecem a sequência dos adaptadores) são
preferencialmente amplificados fragmentos com um tamanho que varia entre
250 e 1000 pb. Os fragmentos de DNA amplificados são fragmentados,
marcados nas extremidades e hibridados ao GeneChip® Mapping
10K Array. Após leitura da intensidade de fluorescência com
um scaner é determinado cada genótipo individual com base no
software GDAS 2.0 da Affymetrix. Com 11 555 SNP´s presentes no array
e um grau de detecção superior a 90%, é possível
obter mais de 10 000 genótipos por amostra.