O pré-requisito absoluto para a obtenção de dados reproductíveis e de confiança é a elevada qualidade da amostra de RNA a utilizar. Com base na nossa experiência, adequirida com uma variedade de organismos que vão desde a levedura, tecidos de mamíferos, Drosophila e Arabidopsis, aconselhamos os nossos clientes sobre o melhor processo de isolar RNA apartir das suas amostras. Para estudos de expressão genética pelo procedimento standard são necessárias 1 µg de RNA total, mas se houver limitações na obtenção de material biológico, pode-se usar o procedimento para pequenas amostras uma vez que este reduz essa quantidade para valores tão baixos quanto 50 ng de RNA total. Para RNA de elevado grau de pureza a razão A₂₆₀/A₂₈₀ deve ser entre 1,8 e 2,1. Após recepção das amostras, estimamos a sua concentração e grau de pureza utilizando o espectrofotómetro NanoDrop^® ND-1000. A qualidade do RNA nessas amostras é analizada usando o RNA 6000 Nano Assay do Agilent 2100 Bioanalyzer. Se o electroforetograma (exemplo) preencher os parâmetros de qualidade requeridos, procedemos ao processamento da sua amostra.